Le Haut Conseil de santé publique (HCSP) a émis des recommandations sur les modalités de suivi pour la prise en charge médicale des nouveau‑nés et des nourrissons nés de mère ayant présenté ou ayant pu présenter une infection par le virus Zika pendant la période pré-conceptionnelle ou durant la grossesse. Tout nouveau-né de mère infectée ou susceptible de l'avoir été, doit bénéficier d'un examen physique complet, avec mesures du périmètre crânien, un examen neurologique, la recherche de signes de dysmorphie et d'une hépato et/ou splénomégalie, et un examen cutané. Le HCSP préconise un suivi jusqu'à la fin du cours préparatoire ou au moins 2 ans. Un suivi de cohorte doit être mis en place pour étudier le devenir à long terme des enfants infectés par le virus Zika.
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