Les origines d'Omicron en question

Deux semaines environ après son identification, le variant Omicron pose encore de nombreuses questions y compris sur son origine.

Flou autour de sa date et de son lieu d'apparition

Si ce clone de la lignée B.1.1.529 a été découvert en Afrique du Sud le 25 novembre, il pourrait être apparu bien avant cette date et « tourne probablement en Afrique du Sud [...] depuis début octobre », estime le Pr Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique, selon l’AFP.

Ce variant aurait donc commencé à essaimer il y a plusieurs semaines dans le monde entier, compliquant l’identification de sa région et de sa date exactes d’émergence.

De très nombreuses mutations sur la souche historique du SARS-CoV-2

Les paris sur l'origine d’Omicron vont néanmoins bon train, guidés par ses caractéristiques génétiques et notamment son nombre élevées de mutations – une cinquantaine, dont un peu plus de 30 sur sa protéine Spike – inédit jusque-là.

De plus, tout en répétant qu’il est habituel qu’un virus mute afin de s’adapter de plus en plus à son hôte et afin d’échapper au système immunitaire, voire aux vaccins et aux antiviraux, le Pr Vincent Calvez, chef du département de Virologie de la Pitié-Salpêtrière (AP-HP), s’étonne des caractéristiques phylogénétiques d’Omicron. Au regard de ses ascendants, de son parcours évolutif « ce variant est très différent des autres », affirmait le virologue jeudi lors d’une conférence de presse organisée par l’ANRS Maladies Emergentes.

Plus précisément, dans l’arbre phylogénétique du SARS-CoV-2, Omicron se trouve à l’extrémité « d’une branche longue et droite, centrale », alors que les autres variants sont repérables au bout de nombreuses ramifications, décrit Vincent Calvez. Autrement dit : alors que Bêta, Gamma, Delta, etc. dérivent d’une série de clones du SARS-CoV-2, Omicron semble plus directement apparenté à la souche historique du virus.

Omicron : une zoonose inversée ?

Aussi, dans un article du JAMA daté de lundi, l’infectiologue américain Adam Lauring émet l’hypothèse d’une « zoonose inversée ». Dans ce cas, Omicron serait apparu après que la souche sauvage du SARS-CoV-2 soit passée de l’Homme à un nouvel hôte animal. Là, le virus aurait alors évolué jusqu’à donner un variant assez éloigné du virus original. Ce dernier clone aurait alors finalement regagné l’espèce humaine.

Mais le consensus semble plutôt se former autour de l’idée de l’émergence d’Omicron chez un patient immunodéprimé, qui aurait développé une infection chronique à la souche originale du SARS-CoV-2. « On sait que ce type de sélections de nombreuses mutation se produit lors de réplications très prolongées chez les individus immunodéprimés – chez qui le virus se réplique et mute pendant des semaines : c’est probablement ce qu’il s’est passé ici », explique le Pr Calvez.

Appel à mieux vacciner les immunodéprimés du monde entier

D’ailleurs, en Afrique du Sud, pays très touché par l’épidémie de sida, Tulio de Oliveira, un des découvreurs d’Omicron, avait déjà pré-publié en juin sur la plateforme MedRxiv un case report alarmant repris par la presse anglo-saxonne. Il y décrivait le cas d'une patiente VIH + de 36 ans porteuse d'un clone du SARS-CoV-2 présentant une trentaine de mutations. D’où l’appel de divers virologues à se concentrer sur la vaccination anti-Covid-19 et la prise en charge des patients immunodéprimés du monde entier.

Quoi qu’il en soit, afin de se diffuser en Afrique du Sud à partir du patient zéro – que celui-ci ait été contaminé par un animal ou immunodéprimé –, Omicron aurait bénéficié d’un contexte épidémiologique particulier. Comme le souligne Vincent Calvez, le pays d’Afrique austral, à la population peu vaccinée, connaissait  en novembre« une période ou peu d’infections étaient enregistrées, c’est-à-dire où Omicron avait [en fait] peu de compétiteurs ».