Un nouveau virus détecté chez une patiente atteinte d’hépatite

Une équipe française a mis en évidence un nouveau virus chez une patiente atteinte d’hépatite chronique jusqu’à présent inexpliquée. C’est ce qu’annoncent l’Inserm et l’Institut Pasteur quelques semaines après la description de cette découverte dans la revue Emerging Infectious Diseases.

La patiente concernée est une femme de 61 ans, bénéficiant d'un suivi médical rapproché suite à une double greffe de cœur et de poumon avec traitement immunosuppresseur. En novembre 2021, dans le cadre de ce suivi et malgré des symptômes très légers, une hépatite a été détectée chez cette patiente – principalement sur la base d’enzymes hépatiques augmentées, sans qu'aucune étiologie classique n’ait pu être identifiée pour ce trouble, par la suite devenue chronique.

Premier circovirus pathogène chez l'Homme

Dans ce contexte, des cliniciens et chercheurs de l’AP-HP, de l’Inserm, de l’Institut Pasteur, de l’Université Paris Cité et de l’Ecole nationale vétérinaire d’Alfort (EnvA) ont décidé d’investiguer ce cas. « Des échantillons de tissus pathologiques de cette patiente (…) ont fait l’objet d’un séquençage, à la recherche de séquences microbiennes », indique l’Inserm. Des séquences d'ARN suspectes ont été extraites puis « analysées et comparées à celles de (pathogènes) déjà connus » au moyen notamment de techniques de séquençage à haut débit mNGS (metagenomic Next Generation Sequencing).

Une démarche qui n’a finalement pas permis de trouver une corrélation avec une séquence virale ou bactérienne connue... mais qui a conduit à l’identification d’une nouvelle espèce de virus – rattachée à la famille des Circovirus, et provisoirement baptisée Human Circovirus 1 (HCirV-1). « Cette famille de petits virus à ADN très résistants a été identifiée initialement en 1974 dans différentes espèces animales où ils peuvent être responsables de problèmes respiratoires, rénaux, dermatologiques et reproductifs » et « faire l’objet de vaccination, notamment chez les porcs », rappelle l’Inserm. Cependant, aucun circovirus, qui plus est pathogène, n’avait encore été mis en évidence chez l’Homme.

Pour vérifier le rôle du HCirV-1 dans l’hépatite, les chercheurs ont conduit des analyses complémentaires sur « des échantillons de la patiente prélevés au cours des années précédentes pour son suivi dans le cadre de ses greffes ». Résultat : le génome viral semblait absent des échantillons sanguins entre 2017 et 2019 mais devenait détectable en septembre 2020, jusqu’à un pic de concentration en janvier 2022 et une concentration toujours supérieure à 10⁸ copies par mL en mars 2022, détaille l’étude. Des concentrations équivalentes ont aussi été trouvées dans des échantillons hépatiques, de même qu’une cytolyse. « Nous avons trouvé (des séquences) de HCirV-1 dans 2 % des hépatocytes », ajoutent les auteurs.

Une source de contamination inconnue

Certes, des inconnues perdurent. En particulier, « l’origine du virus – circulant chez l’homme ou d’origine animale – reste à identifier, de même que la source de l’infection elle-même (contact, alimentation, etc.) », admet l’Inserm.

Cependant, pour l’instance, quelques mois après la vague de cas pédiatriques d’hépatites aiguës non expliquées, ce travail permet bel et bien d’avancer dans l’identification de la cause de certaines hépatites d’étiologie inconnue. D’autant que les chercheurs auraient d’ores et déjà mis au point un test PCR spécifique du HCirV-1 « réalisable par tout laboratoire hospitalier », avance l’instance. Un test sérologique serait aussi en développement.