Covid-19 : nouvelles interrogations sur les variants

Le variant Delta, désormais dominant en France, serait bel et bien associé à un risque d’hospitalisation accru par rapport au précédent mutant dominant du virus – le variant Alpha. Telle est la conclusion d’une étude britannique publiée en fin de semaine dernière dans le Lancet Infectious Diseases.

En juin, un premier travail écossais avait suggéré que le variant Delta pouvait s'avérer associé à un risque d’hospitalisation plus élevé que le variant Alpha. Cependant, l’agence de santé publique anglaise, Public Health England (PHE), n’attribuait qu’un faible niveau de confiance à cette investigation - qu’elle jugeait très préliminaire. Ainsi les auteurs de la présente étude se sont-ils donné pour objectif de confirmer et de préciser ce sur-risque.

Pour ce faire, ils ont analysé les données de santé de tous les patients anglais ayant eu entre mars et mai un diagnostic de Covid-19 lié au variant Alpha (soit près de 8 700 patients) ou Delta (soit plus de 34 500 patients), confirmé par séquençage. Sur la base des données associées au recours aux soins de ces patients, « le risque d'admission à l'hôpital et la fréquentation des soins d'urgence ont été comparés entre les patients porteurs des variants Delta ou Alpha », expliquent les auteurs.

Résultat : les patients infectés par le variant Delta apparaissent plus de deux fois plus à risque que ceux infectés par le variant Alpha d’être hospitalisés pour une forme grave de Covid-19. De fait, les chercheurs ont trouvé un risque relatif (RR) d’admission à l’hôpital dans les 14 jours de 2,26.

Une moindre capacité du vaccin à diminuer la transmissibilité du variant Delta ?

Autre questionnement : la capacité du virus à continuer de circuler malgré la vaccination. « Des études ont montré une charge virale similaire entre les individus vaccinés et les non vaccinés, ce qui soulève la question de l’efficacité de la vaccination sur la transmission du SARS-CoV-2 à partir des personnes infectées ayant un schéma vaccinal complet », explique Santé Publique France dans sa dernière analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2, publiée jeudi.

Et si des études ont suggéré qu’après un schéma vaccinal complet, les vaccins anti-Covid-19 présentent une efficacité encore très élevée contre le variant Delta, la situation épidémiologique d’Israël, qui s’est rapidement dégradée avec l’arrivée de ce clone malgré une couverture vaccinale de près de 80 % interpelle. « Il n’est pas encore établi dans quelle mesure la reprise de l’épidémie en Israël est due à la plus forte infectiosité du variant Delta, à la protection moindre du vaccin contre Delta par rapport aux autres souches, à la diminution des niveaux d'anticorps [au fil du temps] ou à une combinaison de ces facteurs », explique l’instance.

Toutefois, l’agence rassure, rappelant que « le risque global d'être infecté est réduit après la vaccination ».

Un nouveau variant surveillé en Afrique du Sud

Au-delà de ce clone Delta, le SARS-CoV-2 continue à évoluer et d'autres variants font aussi l’objet d’une surveillance particulière.

C’est notamment le cas d’un nouveau mutant détecté en Afrique du Sud, qui a récemment attiré l’attention des virologues du pays.

Hier, l’Institut national des maladies transmissibles d’Afrique du Sud (NICD) a en effet fait savoir qu’elle surveillait un variant baptisé C.1.2. Et pour cause : ce dernier présenterait non seulement des mutations déjà arborées par des variants préoccupants (VOC) ou d’intérêt (VOI) du SARS-CoV-2 mais aussi de nouvelles mutations, encore jamais décrites chez un clone du SARS-CoV-2. De plus, d’après l’AFP, cette souche muterait « presque deux fois plus vite que les autres variants déjà observés ».

Pour le moment, ce nouveau variant ne compte pas parmi les VOC ou les VOI. Et ce, notamment en raison de son caractère minoritaire. De fait, même si la fréquence de ce clone a longtemps augmenté en Afrique du Sud au cours des derniers mois, marqués par l’expansion du variant Delta, moins de 2 % des contaminations recensées à l’heure actuelle apparaîtraient associées au mutant C.1.2.

À noter que si ce variant a aussi été observé en Chine, à Maurice, en Nouvelle-Zélande et même au Royaume-Uni, Santé Publique France n’en fait pas mention dans sa dernière analyse de risque.

Vigilance en France vis-à-vis du VUM 21H/B.1.621

En France, un autre mutant, classé parmi les VUM (variant under monitoring), est cependant à l’étude : le 21H/B.1.621. Ce variant pourrait en effet s’avérer capable d’échapper facilement à l’immunité et à la vaccination, à l’instar du VOC Bêta (ancien variant sud-africain).

Toutefois, Santé Publique France temporise, indiquant que ce clone n’est pour le moment détecté que « sporadiquement » dans l’Hexagone. De plus, il « ne semble pas présenter de caractéristiques lui donnant un avantage compétitif par rapport à Delta ». Autrement dit, ce variant ne devrait pas, à court terme, s’imposer comme un variant dominant.