En cas d’immunodépression, il y a un risque de maladie vaccinale après vaccination par des vaccins vivants dirigés contre des virus. Sont donc contre-indiqués : les vaccins ROR, varicelle, rotavirus, fièvre jaune ainsi que le zona et la grippe nasale (qui seront disponibles fin 2014). Le BCG, antibactérien, est également contre-indiqué.
L’immunodépression s’accompagne également d’une diminution de l’immunogénicité des vaccins et de la durabilité de la réponse. Il existe des alternatives pour augmenter la réponse immunitaire : soit augmenter la dose d’antigène (vaccination par double dose et/ou augmenter le nombre d’injections), soit améliorer la présentation de l’antigène aux cellules de l’immunité (vaccination par voie intradermique, nouveaux adjuvants) soit utiliser des vaccins plus immunogènes (exemple : contre le pneumocoque).
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