Covid-19 : des variants qui progressent à plus de 40%, l'isolement des personnes positives porté à 10 jours

« Relâcher notre vigilance maintenant, c'est courir le risque de contraintes plus fortes dans un avenir proche » a déclaré Olivier Véran, ce 18 février. Pour éviter que la « digue sanitaire ne lâche » devant la progression des variants, le gouvernement a décidé de porter la durée d'isolement des personnes testées positives au coronavirus, variant ou non, à 10 jours, à partir de ce lundi 22 février.

Selon Santé publique France, en semaine 6 (du 8 au 14 février 2021), 37 % des tests positifs criblés enregistrés dans le système de surveillance SI-DEP correspondent à une suspicion de variant britannique 20I/501Y.V1, et 5 % à une suspicion de variant sud-africain 20H/501Y.V2 ou brésilien 20J/501Y.V3.

« Des résultats attendus » par rapport aux précédentes projections, a commenté l'épidémiologiste Bruno Coignard, de Santé publique France. « La présence des variants va sans doute continuer à progresser, car ils ont une transmissibilité accrue », notamment le Britannique (50 à 70 % plus transmissible que les souches initiales), a-t-il précisé. La plus forte proportion de suspicions de ce variant était observée chez les 0-9 ans (45,1 %) puis chez les 30-39 ans (41,6 %), contre 20 % chez les plus de 90 ans.

Des disparités selon les départements

Ces variants sont présents dans toutes les régions métropolitaines, avec de fortes disparités selon les départements : 40 présentaient une proportion supérieure à 30 % de variant britannique, huit à 10 % de variants V2 (ZA) ou V3 (BR). La Moselle, elle, affiche plus de 40 % de variants V2 ou V3 tandis que 72 % des cas à Dunkerque relèvent du V1.

Si ces données proviennent du système de surveillance SI-DEP, une troisième enquête flash (la précédente remonte au 27 janvier) a eu lieu le 16 février, et, grâce au recours au séquençage, devrait donner prochainement une cartographie complète des types de virus circulants en France, y compris des variants autres que ceux improprement nommés britannique, sud-africain, et brésilien.

Des variants déjà majoritaires, selon une autre méthodologie

De son côté, l'équipe ETE (évolution théorique et expérimentale) du laboratoire de virologie du CHU de Montpellier, considère dans un travail encore non relu par des pairs que plus de 50 % des infections en France seraient liées aux variants.

L'équipe de Samuel Alizon s'appuie sur des données issues de plus de 35 000 tests positifs en test RT-PCR, effectués entre le 26 janvier et le 16 février et criblés par le laboratoire Cerba. En appliquant une approche inspirée par la génétique des populations, les chercheurs calculent que les variants seraient majoritaires dans les infections depuis la fin de la semaine du 8 février, voire du 15 février, en appliquant un modèle plus conservateur (qui fait l'hypothèse que des variants exclus du premier modèle, car ininterprétables, relèveraient de la souche sauvage de 2020).

Quels que soient les chiffres, la dynamique des variants fait craindre un emballement de l'épidémie. « Nous sommes sur une ligne de crête, il y aura certainement une bascule dans un sens ou l'autre, mais une diminution forte est peu probable », considère Bruno Coignard.

Une prévision qui modère les espoirs que pourraient susciter d'autres constats plus favorables. Bien que la circulation virale reste à un niveau très élevé (18 237 nouveaux cas confirmés chaque jour en moyenne) et que les admissions en réanimation se stabilisent, le nombre de nouveaux cas confirmés a diminué (- 9 %), comme le taux d’incidence, en particulier chez les personnes de 75 ans et plus (-19 %), le nombre de nouvelles hospitalisations (- 10 %), ou encore le nombre de décès hebdomadaire baisse de 3 %.