Grouper des échantillons pour détecter le génome du virus SARS-CoV-2 par RT-PCR dans les prélèvements respiratoires ? Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) reconnaît que la méthode, déjà testée par des équipes médicales allemandes et américaines, permet une économie « significative » du nombre de tests à réaliser, mais déconseille néanmoins d'y recourir, en particulier dans la période de déconfinement où 500 000 à 700 000 tests devraient être réalisés chaque semaine en France.
Dans son avis publié le 17 mai, le Haut Conseil évoque notamment les nombreuses incertitudes qui entourent cette pratique de « poolage » (ou groupage d'échantillons), en termes d'organisation, de délai de rendu du résultat, ou encore de perte de sensibilité pour les échantillons faiblement positifs.
Incertitudes autour de la taille des groupes et de la sensibilité
Se pose par exemple la question de la taille optimale des groupes d'échantillons des voies respiratoires supérieures. Elle oscille entre 5 et 30 échantillons mais est amenée à varier en fonction de la prévalence estimée du coronavirus dans la population testée. Le HCSP soulève aussi un risque de contamination (faux positifs) lors de la gestion de grand nombre d’échantillons et un risque de faux négatifs dans un échantillon présentant une charge virale faible, proche du seuil de détection.
D'un point de vue éthique, la technique de groupage doit être considérée, selon le HCSP comme non acceptable dans la prise en charge de patients fragiles ou à risque de formes graves de Covid-19, avec un délai de rendu de résultat allongé, ou lors de charge virale faible dans l’échantillon, conduisant à un risque de faux négatifs.
En outre, la mise en œuvre de cette technique soulève la question de la facturation des actes réalisés par groupe, pratique qui n'est pas inscrite dans la nomenclature des actes de biologie.
Aussi le HCSP recommande que la détection du génome viral du SARS-CoV-2 soit réalisée par RT-PCR individuelle dans le cadre des recommandations du diagnostic virologique, d'autant que l'approvisionnement en réactifs pour RT-PCR ne semble pas en tension.
Évaluer la technique de séquençage à haut débit
Le HCSP fait néanmoins part de son souhait que soit évaluée une technique de séquençage à haut débit, comme alternative au dépistage unitaire, à moyen terme.
Cette technique, qui fait l'objet d'une étude publiée en avril sur le site de prépublication BioRxiv, permettrait de tester un très grand nombre d’échantillons, grâce à des groupages massifs (de l'ordre de 100 000 échantillons). Les échantillons sont identifiés par un code-barres moléculaire, puis amplifiés par une technique d’amplification isotherme (RT-LAMP) ; ils sont ensuite groupés et la recherche de l’agent infectieux est réalisée par un séquençage haut débit par technique Illumina, résument les experts du HCSP. Cette approche permet, sans démembrer le groupe, d’identifier grâce au code-barres, les échantillons positifs au sein du groupe. Bien que « très prometteuse », elle n'a pas été à ce jour mise en œuvre et évaluée pour la gestion de la pandémie de SARS-CoV-2, note le HCSP.
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