Covid : un cluster lié à un nouveau variant dans un établissement de soins américain, malgré la vaccination Pfizer

Les Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC) des États-Unis rapportent un cluster d'une quarantaine de cas liés à un nouveau variant dit R.1 dans un établissement de soins du Kentucky, survenu après une campagne de vaccination. Ce variant n'avait pas été identifié auparavant dans cet État.

Selon la description de ce cluster dans le « Morbidity and Mortality Weekly Report » des CDC du 21 avril, le fait d'être vacciné était associé à une diminution du risque d'être infecté et de développer des symptômes du Covid. Néanmoins, 25,4 % des résidents (des personnes âgées ayant des problèmes de santé multiples) et 7,1 % des professionnels de santé ont été infectés bien qu'ils aient bénéficié des deux doses vaccinales. « Cela confirme les préoccupations concernant une éventuelle réduction de l’immunité protectrice contre le variant R.1 », écrivent les CDC.

Une campagne de vaccination a été organisée au sein de l'établissement avec le vaccin à ARNm de Pfizer/BioNTech les 10 janvier, 31 janvier et 21 février 2021. Parmi les 83 résidents et 116 professionnels de santé, ils étaient respectivement 90,4 % (75) et 52,6 % (61) à avoir reçu le schéma vaccinal complet.

Des infections malgré un schéma complet

Un premier cas positif a été identifié le 1^er mars, lors d'un test de dépistage de routine. Il s'agissait d'un soignant symptomatique non vacciné. Au total, 46 personnes ont été infectées : 26 résidents et 20 soignants ont été testés positifs au SARS-CoV-2, dont 18 résidents et quatre soignants qui avaient reçu la deuxième dose plus de 14 jours avant le début du cluster. « Deux cas sont survenus chez des résidents qui avaient reçu leur deuxième dose de vaccin dans les 14 jours précédant le cluster ; ils ont été exclus de l’analyse principale », soulignent les CDC.

Les résidents non vaccinés étaient associés à un risque multiplié par trois d'être infecté par rapport aux résidents non vaccinés, tandis que les soignants non vaccinés étaient associés à un risque multiplié par 4,1 par rapport aux soignants vaccinés.

Une efficacité élevée contre le risque d'hospitalisation

D'après les CDC, l'efficacité du vaccin contre l'infection est ainsi estimée à 66,2 % parmi les résidents et à 75,9 % pour les soignants. L’efficacité contre un Covid symptomatique était plus élevée, respectivement de 86,5 % et de 87,1 %. Le vaccin s'est également révélé efficace à 94,4 % contre le risque d'hospitalisation parmi les résidents et aucun soignant n'a été hospitalisé. Les CDC rapportent la survenue de trois décès au sein de ce cluster, dont deux n’avaient pas été vaccinés.

Par ailleurs, quatre cas de réinfections possibles ont été rapportés, avec des formes symptomatiques. Parmi ces cas, un soignant qui avait été vacciné, et un décès à déplorer pour un résident infecté une première fois 300 jours plus tôt. « Ces réinfections possibles suggèrent une immunité naturelle limitée ou décroissante face à ce variant », estiment les CDC.

Des mutations d'intérêt

Le séquençage du génome entier du virus, qui a été réalisé pour 28 échantillons (dont un provenant d'une personne réinfectée), a permis d'identifier le variant de la lignée R.1, qui présente de multiples mutations au niveau de la protéine Spike. En particulier, la mutation D614G associée à une transmissibilité accrue du virus, la mutation E484K que l'on retrouve également chez les variants dits sud-africain et brésilien et la mutation W152L qui pourrait réduire l’efficacité des anticorps neutralisants.

Une étude parue dans le « New England Journal of Medicine » rapporte également des cas d’infections par un variant après vaccination. Parmi une cohorte de 417 personnes vaccinées avec deux doses de vaccin à ARNm (deuxième dose reçue au moins deux semaines auparavant), deux femmes ont été testées positives au SARS-CoV-2 (par PCR) et ont présenté des symptômes. Le séquençage viral a mis en évidence la mutation E484K chez une femme et trois mutations (T95I, del142-144 et D614G) chez les deux femmes.