Événement rare : un nouveau virus humain identifié par l'Institut Pasteur

Les chercheurs de l'Institut Pasteur, de l’hôpital Necker-Enfants malades (AP-HP) et de l'Institut Imagine (Inserm) ont identifié une espèce encore inconnue de circovirus, provisoirement nommée Human Circovirus 1 (HCirV-1). Il s'agit du premier virus de cette famille à infecter l'homme.

Les circovirus sont une famille de petits virus à ADN très résistants, identifiée en 1974 dans différentes espèces animales. Une infection par de tels micro-organismes peut être associée à des problèmes respiratoires, rénaux, dermatologiques et reproductifs.

Selon sa première description publiée dans « Emerging Infectious Diseases », HCirV-1 serait lui associé à des dommages hépatiques. En effet, des lésions ont été observées dans le foie d'une patiente de 61 ans, sous traitement immunodépresseur à la suite d'une greffe cœur et poumon vieille de 17 ans, alors que la patiente souffre d'une hépatite chronique jusqu'ici inexpliquée.

En novembre 2021, 14 mois après une corticothérapie par intraveineuse, la patiente avait été hospitalisées à la suite d'une colite à cytomégalovirus résistante au ganciclovir. À la suite d'un traitement par foscavir puis maribavir et letermovir, elle a pu sortir de l'hôpital, mais quatre mois plus tard, l'hépatite a empiré avec des taux de transaminases 40 fois supérieurs à la normale. Toutes les autres explications ayant été écartées (hépatites A, B, C, et E, VIH, CMV, herpes, VZV, adénovirus, entérovirus, parvovirus B19, toxoplasmose, syphilis et leptospirose), les médecins se sont résolus à rechercher une autre cause virale.

Une découverte rare

La découverte d'un nouveau virus humain qui ne soit pas d'origine zoonotique est un événement très rare. En l'occurrence, ce sont les chercheurs du laboratoire « Découverte de pathogènes » dirigé par Marc Eloit, qui a supervisé l'étude avec la Dr Anne Jamet du service bactériologie, virologie, parasitologie et hygiène de l'hôpital Necker-Enfants malades, qui y sont parvenus.

Les chercheurs ont séquencé l'ARN extrait d'une biopsie hépatique, à l'aide une technique de séquençage à haut débit mNGS (metagenomic Next Generation Sequencing) et d’algorithmes informatiques. Parmi les milliers de séquences analysées, ils ont identifié HCirV-1. Ils précisent qu'aucune autre séquence virale ou bactérienne n'a été trouvée.

L’implication du HCirV-1 dans l’hépatite a ensuite été démontrée grâce à l’analyse d’échantillons de la patiente prélevés au cours des années précédentes pour son suivi dans le cadre de ses greffes. Les résultats ont montré que le génome viral du HCirV-1 était indétectable dans les échantillons de sang de 2017 à 2019, puis que sa concentration a atteint un pic en septembre 2021. La multiplication du virus dans les cellules hépatiques(2 à 3 % des cellules du foie étaient infectées) démontre le rôle du HCirV-1 dans les dommages au foie.

Alors que certains circovirus sont pathogènes pour les animaux et peuvent faire l’objet de vaccination, notamment chez les porcs, il s’agit du premier circovirus pathogène pour l’homme. Les symptômes de la patiente sont restés légers, et l’identification de ce virus est liée au fait qu’elle ait été très suivie en raison de sa double greffe. Grâce à cette découverte, les scientifiques ont pu mettre au point un test PCR spécifique désormais disponible pour le diagnostic étiologique d’hépatite d’origine inconnue. Un test sérologique est également en développement.