Une analyse génomique classe le diabète de type 2 en cinq sous-types distincts

En s'appuyant sur une analyse génomique, des chercheurs ont mis en évidence cinq sous-types de diabète de type 2. Leurs résultats sont publiés dans « PLOS Medicine ».

Aujourd'hui, les patients atteints de diabète de type 2 sont tous pris en charge de la même manière, ce qui conduit parfois à des échecs thérapeutiques. En effet, les données cliniques et physiologiques montrent que le diabète de type 2 est une maladie hétérogène. Cette analyse génomique vient appuyer ce constat.

« Pour identifier des groupes aux particularités similaires, nous avons utilisé une méthode ancrée dans la génétique, prenant en compte la physiologie », indique au « Quotidien » le Pr Jose C. Florez, auteur senior de l'étude.

Émergence de voies moléculaires

Les chercheurs ont eu recours à une méthode statistique appelée « soft clustering ». « Il s'agit d'une méthode de regroupement qui permet aux variants génétiques d'appartenir à plus d'un sous-groupe. Les méthodes précédentes utilisaient uniquement le "hard clustering" : si le variant avait déjà été utilisé dans un sous-groupe, il ne pouvait pas en faire partie d’un autre. Le "soft clustering" est ainsi plus fidèle à la biologie, un gène pouvant être impliqué dans divers processus », explique le Pr Florez.

L’étude de 94 variants génétiques connus de diabète de type 2 et de 47 caractéristiques liées au diabète a mis en évidence cinq sous-groupes distincts. Deux étaient associés à un trouble de la sécrétion d'insuline par les cellules bêta du pancréas et se différenciaient par des niveaux différents de pro-insuline (précurseur de l'insuline). Les trois autres groupes avaient un profil d'insulinorésistance : un était caractérisé par de l'obésité, le deuxième par une perturbation du métabolisme des graisses dans le foie et le troisième par une lipodystrophie.

« Nous commençons à voir émerger des voies moléculaires qui définissent plus précisément la maladie en fonction de sa physiopathologie », note le Pr Florez.

La pertinence de ces groupes a été évaluée sur quatre cohortes regroupant 17 365 individus ayant un diabète de type 2.

Cohérent avec l'approche clinique

Ces observations sont par ailleurs assez proches de celles d'une étude publiée en mars dans « The Lancet Diabetes & Endocrinology ». « Cette étude prospective mettait également en évidence cinq formes différentes de diabète de type 2, avec des pronostics et des risques de complication totalement différents », indique au « Quotidien » le Pr Philippe Froguel, endocrinologue et généticien, en commentaire de cette étude. Cette étude ne s'appuie pas sur des données génétiques, mais sur des paramètres cliniques et biologiques tels que l'insulinorésistance, l'indice de masse corporelle (IMC) et l'hémoglobine glyquée.

« La nouvelle étude montre ainsi que la stratification des diabétiques basée sur des paramètres classiques a un support en partie génétique », commente le Pr Froguel.

Le Pr Florez estime par ailleurs qu'« il serait intéressant de déterminer si les groupes identifiés par Ahlqvist et al. ont le même fondement génétique que le nôtre. Nos groupes collaborent pour déterminer cela ». « L'avantage de notre approche est que les facteurs génétiques sont stables tout au long de la vie d'une personne », souligne-t-il. Mais si la génétique permet d'avoir une approche objective pour classer des patients, elle a aussi ses limites, précise le Pr Froguel : « Le diabète est aussi lié à l'environnement. Nutrition, tabagisme, etc. ne sont pas pris en compte avec la génétique. »

Implications thérapeutiques

Ces différents travaux ont des implications en termes de prise en charge. Cette subdivision du diabète de type 2 devrait permettre d'ajuster la prise en charge des patients en fonction des spécificités de chaque sous-groupe. « Par exemple, l'une des formes de diabète de type 2 est en fait un diabète de type 1 lent d'apparition tardive. Ce sont donc des patients qui doivent être traités à l'insuline rapidement », souligne le Pr Froguel.

Pour lui, « la caractérisation génétique des sous-groupes ne va pas forcément faire émerger de nouvelles cibles thérapeutiques. En revanche, avoir des groupes plus homogènes de patients devrait faciliter les études cliniques ».