Les microbes intestinaux – 100 milliards de micro-organismes et 3,3 millions de gènes microbiens (150 fois plus que dans le génome humain) – ont été longtemps négligés, en partie parce que l’on ne savait pas bien les étudier. L’établissement d’un catalogue de gènes microbiens a fait, et fera, évoluer les mentalités, d’autant que les premières études publiées sont prometteuses.
Le microbiote pourrait jouer un rôle important dans de nombreuses maladies chroniques majeures : obésité, diabète de type 1 et 2, maladie de Crohn et rectocolite hémorragique… Sans parler de certains cancers.
Le Pr Ehrlich souligne la bonne prédictibilité diagnostique des marqueurs du métagénome. Par exemple, l’obésité (IMC ‹ 25 kg/m2versus IMC› 30 kg/m2) est prédite à 78 % en s’y fiant, alors que l’étude du génome n’offre une prédictibilité que de 58 %.
Par ailleurs, l’équipe du Pr Ehrlich a pu vérifier que le corpus microbiotique était stable dans la population humaine mondiale, ce qui permet des stratégies internationales de diagnostic et éventuellement d’intervention.
Une démarche simple et standardisée.
Rappelons que ces premières découvertes ont été rendues possibles grâce aux travaux des chercheurs de Metagenopolis, à Jouy-en-Josas : à partir de prélèvements de selles, ils ont développé des techniques de séquençage et de bio-informatique permettant la standardisation des mesures et l’établissement d’un catalogue des gènes, réorganisé en unités métagénomiques (UMG).
Ces travaux ont donné lieu à plus de vingt publications, dont cinq dans la célèbre revue Nature, avec même une annonce en couverture : « Our other genome ».
La France est donc en pointe en métagénomique quantitative et fonctionnelle, mais il faut maintenant passer à un niveau supérieur de financement, pour valider l’ensemble des travaux préliminaires publiés et, parallèlement, engager des études d’intervention.
Pour l’instant, une seule étude suggère qu’une intervention nutritionnelle améliore simultanément la richesse en métagènes et les paramètres cliniques chez des sujets obèses ou en surpoids. Mais il faudra beaucoup d’autres démonstrations de ce type, dans les nombreuses pathologies candidates.
Plusieurs contrats ont déjà été signés avec l’industrie, des collaborations avec divers organismes ont été établies… Mais pourra-t-on explorer toutes les potentialités du microbiote sans une plus grande implication des organismes publics de recherche ?
Conférence au Collège de France, décembre 2013
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