Un premier pangénome humain combine le matériel génétique de 47 individus aux origines variées

Un premier pangénome humain, recensant la gamme la plus complète de gènes disponible à ce jour, a été publié dans « Nature ». L'annonce a été saluée comme « inaugurant une nouvelle ère pour le diagnostic génétique », par le généticien David Adelson de l'Université australienne d'Adélaïde.

Un premier génome humain avait été séquencé en 2003, mais 70 % des séquences provenaient d'un seul individu, le reste étant issu de 20 autres personnes. Son utilisation pour des populations d'autres origines ethniques était donc limitée.

Pour disposer d’une meilleure représentation de la diversité génétique humaine, le Consortium de référence du pangénome humain (HPRC) a ainsi combiné le matériel génétique de 47 individus d'origines ancestrales différentes. Sur ces 47 personnes, qui sont anonymes, plus de la moitié vient d'Afrique, un tiers des Amériques, l'Asie comptant six individus et l'Europe un seul, un juif ashkénaze. L'Océanie n'est pas représentée.

Mieux appréhender la diversité génétique mondiale

L’objectif est de « permettre une compréhension plus profonde et plus précise de la diversité génomique mondiale », est-il expliqué dans un communiqué. Ce pangénome devrait rassembler les données génétiques de 350 individus d'ici à la mi-2024. Plus précis, cette référence devrait ainsi augmenter considérablement la détection de variants dans le génome humain.

« Nous introduisons plus de diversité et d'équité dans la référence en échantillonnant différents individus et en les incluant dans cette structure que tout le monde peut utiliser », se félicite Benedict Paten, professeur de génie biomoléculaire à l’Université de Californie et auteur principal.

Le génome de chaque personne varie légèrement - d'environ 0,4 % en moyenne d’une personne à l’autre. La compréhension de ces différences peut donner des indications précieuses dans les futures études. Jusqu’ici, le génome d'un individu était comparé à la référence standard, représentée par une séquence unique pour chaque chromosome humain, provenant principalement d'un individu.

Le nouveau pangénome représente de nombreuses versions différentes de la séquence du génome humain en même temps et « donne aux scientifiques un point de comparaison plus précis pour les variations présentes dans certaines populations mais pas dans d'autres », poursuit le communiqué.

Ce pangénome va « améliorer les tests génétiques et fournir en même temps une meilleure compréhension de la contribution de tous les genres de variations génétiques sur la santé et les maladies », a ajouté Benedict Paten, lors d'une conférence de presse.

Un « jalon dans la génétique humaine »

Un autre co-auteur de l'étude, Erich Jarvis, de l'Université Rockefeller aux États-Unis, a fourni en exemple les groupes de gènes, connus sous le nom de complexe majeur d'histocompatibilité (MHC), qui sont impliqués dans le fonctionnement du système immunitaire. « Il était jusqu'ici impossible d'étudier la diversité des MHC », tant elle est grande entre individus, a indiqué le chercheur. Des progrès dans ce domaine auraient des conséquences bénéfiques en matière de transplantation d'organes, afin d'éviter des rejets.

Pour David Adelson, le généticien australien, cette première édition du pangénome a déjà accru la précision de détection de changements génétiques d'environ 34 %. Reste que ce « jalon dans la génétique humaine » représente aussi un défi, ont rappelé deux experts américains cités dans « Nature », Arya Massarat et Melissa Gymrek.

L'adoption de ce nouveau référentiel demandera un entraînement des scientifiques, mais il « permettra de faciliter la découverte de variants génétiques qui influent sur les traits physiques et physiologiques et, peut-on espérer, de mener ensuite à des avancées sanitaires pour de nombreuses personnes », ont-ils estimé.