Les médecins du travail ont vu leurs prérogatives évoluer au fil de la crise sanitaire. Une ordonnance du 1er avril 2020 les a autorisés, de façon dérogatoire, à prescrire et renouveler un arrêt de travail en cas d'infection ou de suspicion d'infection au Covid. Il leur a été permis de réaliser des tests PCR de dépistage du Covid, de reporter les visites médicales et leurs interventions dans les entreprises (sauf urgence ou risques graves).
La possibilité de vacciner leur a été accordée par une ordonnance du 2 décembre 2020, de même que la faculté de prescrire et réaliser des tests antigéniques. La vaccination en entreprise a été lancée le 25 février 2021 avec AstraZeneca, puis à partir du 19 avril avec Janssen (salariés de 55 ans et plus) et depuis le 17 mai avec Moderna.
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