Le microbiote, un « nouvel » organe qui n'en finit pas d'étonner

Qualifié d'organe à part entière voire de deuxième cerveau, le microbiote intestinal a connu un envol de la recherche dans les années 2000 avec l'arrivée de la métagénomique. Le séquençage direct de l'ADN contenu dans un échantillon intestinal a ouvert un vaste champ d'exploration en médecine.

Deux kilos, plus de 1 000 espèces bactériennes, 3,3 millions de gènes soit 150 fois plus que nos propres gènes, ces big data donnent le vertige. L'étude MetaHIT lancée en 2008 par l'Inra est ainsi l'une des premières − avec le programme américain « The human microbiome project » − à montrer l'incroyable richesse de la flore intestinale. Et à dessiner une ébauche des interactions entre métagénome et santé. Depuis, une avalanche de publications internationales explore un potentiel incroyable en thérapeutique. Une propriété centrale se dégage : le rôle dans la maturation du système immunitaire.

Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (Mici), métaboliques (obésité, diabète), cardiovasculaires, neurologiques (autisme, sclérose en plaques, Alzheimer) ou psychiatriques (troubles de l'humeur) et cancers, les pistes explorées sont diverses. La transplantation fécale est à l'essai dans de nombreuses maladies (notamment dans les Mici et les cancers) mais n'est indiquée pour l'instant que dans l’infection récidivante à Clostridium difficile avec des taux de succès de l’ordre de 80 à 90 %. À terme, une alternative à la greffe fécale pourrait être l'administration de probiotiques d'intérêt ciblés et personnalisés.