Le temps des dossiers patients papier et des fiches Bristol est révolu. L’impulsion est donnée par les ordonnances Juppé de 1996, lorsque les professionnels intègrent l’outil informatique dans leurs pratiques. La vague de l'informatisation gagne les cabinets libéraux dès 1998, lorsque les généralistes ont l'obligation de télétransmettre leurs feuilles de soins au format électronique (FSE), grâce à la distribution de cartes à puce aux assurés (Vitale 1, Vitale 2) et aux professionnels (CPS). L’ordonnance relative à la maîtrise médicalisée crée aussi le FORMMEL (fonds de réorientation et de modernisation de la médecine libérale, alimenté par une contribution obligatoire). Grâce à l'écosystème Sesam-Vitale, les formalités de remboursement sont simplifiées. En 2001, 70 % des médecins libéraux sont équipés d’un ordinateur.
Le mouvement continu d'informatisation des cabinets s'accompagne de ratés spectaculaires. Lancé par la loi d'août 2004, le dossier médical personnel – première version du DMP – restera un échec majeur. Dix ans plus tard, après avoir coûté un demi-milliard d'euros, le déploiement de ce carnet électronique est loin de ses objectifs. En 2015, la loi Touraine confiera le dossier désormais « partagé » à la CNAM. Parallèlement, l'Assurance-maladie incite les praticiens à s'équiper et à s'informatiser en créant plusieurs indicateurs intégrés dans la rémunération sur objectifs de santé publique (ROSP) : taux de télétransmission minimum, LAP certifié, équipement conforme… Les indicateurs d'équipement du cabinet sont basculés ensuite dans le forfait structure, plus lisible, nouveauté de la convention médicale 2016. La période récente est marquée par la relance du DMP (plus de 10 millions de dossiers ouverts) mais aussi la généralisation des agendas et prises de rendez-vous en ligne. Quant à la télémédecine, elle explose surtout à la faveur de la crise sanitaire et des confinements – avec 17 millions d'actes à distance en 2020.
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